Flexが上手く使いこなせないので、AptanaStudio使ってHTMLとJavascriptでAdobeAIRのアプリを書いていたりする感じなのですが、背景を透過する方法を見つけたのでメモしておきます。
window.htmlControl.paintsDefaultBackground = false;
そしてapplication.xmlの中のinitialWindowの要素の中身を以下のようにします*1
<systemChrome>none</systemChrome> <transparent>true</transparent>
どうやらtransparentをtrueにするとwindow.htmlControl.paintsDefaultBackgroundのアプリ起動時の値がfalseになるらしいです。
*1:他の要素は放置でおｋおｋ
